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Die Spezifikation des FHIR® beinhaltet die technische Repräsentation des beschriebenen Informationsmodells. Dabei werden sowohl die einzelnen FHIR®-Profile sowie -Ressourcen im Abschnitt FHIR®-Ressourcen, Phase II spezifiziert, als auch im Abschnitt Übergreifende FHIR®-Festlegungen Festlegungen , Phase II Festlegungen getroffen, die über die Definition der einzelnen FHIR®-Ressourcen hinausgehend gelten.
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Einige Elemente der FHIR®-Spezifikation haben keine direkt korrespondierenden Elemente im Informationsmodell. Dazu zählen Profile der Typen CodeSystem, ValueSet und die ConceptMap, die für die Abbildung der Wertelisten aus dem Informationsmodell benötigt werden.